行政机关在二审中能否提交证据证明自己合法，需分情况讨论：

1. 一般情况下，行政机关在二审中补充证据应有所限定：

   • 在行政诉讼中，诉讼标的是行政行为的合法性。行政机关作出行政行为时，根据法律规定必须先取证后裁决，必须在决定前形成证明相关事实的证据材料及卷宗。因此，原则上，行政机关在二审中补充证据应受到严格限制，主要应局限于行政主体的卷宗进行审查。

2. 特定情形下，行政机关可以在二审中补充证据：

   • 基于平等抗辩原则：若行政相对人作为上诉人提出新证据，作为原审被告的行政主体可对此补充相应证据，但被告在作出具体行政行为时就应具备的证据除外。
   • 由于意志以外的原因使收集的证据发生毁损或灭失：在此情况下，行政机关可以在二审中补充证据以证明其行政行为的合法性。
   • 原审原告在二审上诉过程中提出赔偿请求：行政主体需要提出相应反证，此时可以在二审中补充证据。
   • 其他行政主体在作出被诉行为时无法或没有必要考虑到，在诉讼过程中因行政相对人提出而需提供证据加以证明的事实：在此情况下，行政机关也可以在二审中补充证据。

3. 人民法院有权要求当事人提供或者补充证据：

   • 根据《行政诉讼法》第39条的规定，人民法院有权要求当事人提供或者补充证据。这意味着，在当事人提供的证据尚不足以证明案件的真实情况时，人民法院有权要求原告和被告提供或者补充证据，以便进一步查明案情。这一规定同样适用于二审程序。

4. 涉及国家利益、公共利益或者他人合法权益的事实：

   • 最新施行的《行诉解释》中规定，对当事人无争议，但涉及国家利益、公共利益或者他人合法权益的事实，人民法院可以责令当事人提供或者补充有关证据。这种情形并非法定唯一的情形，对于案件事实涉及国家利益、公共利益或者他人合法权益的，人民法院在审查过程中只要发现上述情况，不论在一审、二审或者再审阶段都应该要求当事人提供或者补充证据。

综上所述，行政机关在二审中能否提交证据证明自己合法，需根据具体情况进行判断。在特定情形下，行政机关可以在二审中补充证据以证明其行政行为的合法性。同时，人民法院也有权要求当事人提供或者补充证据以进一步查明案情。如有任何行政诉讼相关的法律问题，欢迎直接向我咨询。