结论前置：在主债权已经起诉的情况下，通常不可以单独对抵押权另行起诉，因为抵押权是从属于主债权的从权利。但在特定特殊情况下，若满足一定条件，债权人可以单独对抵押权另行起诉。
一、一般情况下不可单独另行起诉
法律依据与原理：
- 根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释，抵押权是依附于主债权的从权利，其存在、转移和消灭均从属于主债权。在主债权已经起诉并审理的情况下，法院一般会在同一诉讼程序中一并处理抵押权问题，以遵循“一事不再理”原则和避免当事人诉累。
实践意义：
- 允许债权人在主债权诉讼后单独对抵押权另行起诉可能导致司法资源浪费和前后判决不一致。例如，若债权人在起诉债务人偿还借款时未同时主张抵押权，之后再单独起诉抵押权，法院可能基于“一事不再理”原则不予受理或驳回起诉。
二、特殊情况可以另行起诉
主债权诉讼未涉及抵押权处理：
- 若主债权诉讼中，法院仅对主债权的存在、数额、履行情况等进行了审理和判决，而未对抵押权进行实质性审查和处理，债权人可以就抵押权另行起诉。这种情况通常发生在主债权诉讼中双方争议焦点仅限于主债权是否清偿，未涉及抵押权问题。
出现新的事实影响抵押权行使：
- 主债权诉讼结束后，若出现新事实导致抵押权行使条件变化，且该事实在主债权诉讼时无法预见或主张，债权人可基于新事实单独对抵押权另行起诉。例如，主债权诉讼期间抵押财产被第三人非法占有，导致抵押权实现受阻，且该占有行为发生在主债权诉讼之后，债权人可就此另行起诉以保障抵押权。
特殊情形的审批：
- 在某些特殊情况下，如抵押权涉及的当事人、法律关系或争议事实与主债权有所不同，且分开审理更有利于查明案件事实、保护各方合法权益时，债权人可向法院提出申请，请求对抵押权进行单独审理。但这需法院根据具体情况进行审查并决定是否同意。
三、实际操作建议
- 在主债权已经起诉的情况下，债权人应谨慎考虑是否需要对抵押权单独起诉。为避免不必要的法律风险和成本，债权人最好在一个诉讼程序中全面、及时地主张主债权和抵押权。
- 若债权人决定单独对抵押权另行起诉，应充分准备相关证据和法律依据，以证明其起诉的合理性和必要性。
- 债权人如有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。
综上所述，主债权起诉后能否单独对抵押权另行起诉需根据具体情况判断。在大多数情况下，法院会一并处理主债权和抵押权问题；但在特定特殊情况下，若满足条件，债权人可单独对抵押权另行起诉。