针对您提出的“协议仅有公章未盖法人章怎么办”这一问题，以下是我的详细解答：

1. 协议效力分析：

   • 一般情况下协议有效：根据《民法典》的相关规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。在签名、盖章或者按指印之前，当事人一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同也成立。因此，如果协议上已经加盖了公司的公章，这通常意味着公司已经认可了协议的内容，并愿意承担相应的法律责任。即使没有法人章，协议在一般情况下仍然是有效的。
   • 特殊约定下的协议效力：然而，如果协议中有明确条款说明必须同时加盖公章和法人章才能生效，或者双方有其他特殊约定，那么在这种情况下，仅有公章而没有法人章的协议可能不会被视为有效。此时，需要具体查看协议中的相关条款以及双方的约定来确定协议的效力。

2. 法律建议：

   • 审查协议条款：首先，建议您仔细审查协议中的相关条款，特别是关于协议生效条件的部分。如果协议中有明确要求必须同时加盖公章和法人章，那么您需要尽快与对方协商，看是否能够补充加盖法人章，或者对协议进行修改以明确协议的生效条件。
   • 考虑协议履行情况：其次，您需要考虑协议的履行情况。如果协议已经部分或全部履行，且双方对协议内容没有异议，那么即使协议上没有法人章，也可能被视为有效。但为了避免未来的法律纠纷，建议您还是尽快与对方协商解决公章和法人章的问题。
   • 咨询专业意见：最后，如果您对协议的效力存在疑问，或者担心未来的法律风险，我建议您直接向我咨询。我可以根据您的具体情况，提供更详细、更专业的法律建议。

3. 可能的法律后果：

   • 协议有效：如果协议被认定为有效，那么双方都需要按照协议的约定履行各自的义务。如果一方违反协议约定，另一方有权要求其承担违约责任。
   • 协议无效或可撤销：如果协议被认定为无效或可撤销，那么双方之间的权利义务关系将恢复到协议签订前的状态。此时，双方可能需要重新协商签订新的协议，或者通过其他方式解决争议。

综上所述，协议仅有公章未盖法人章并不一定意味着协议无效。具体是否有效还需要根据协议中的相关条款以及双方的约定来确定。如果您对协议的效力存在疑问或担心未来的法律风险，请直接向我咨询以获取更详细、更专业的法律建议。