结论：签协议时盖公章而不盖法人章，在多数情况下是有效的，但具体效力还需根据协议的性质、内容以及相关法律法规的规定来综合判断。
分析说明：
公章的法律效力：
- 公章是公司对外行使权力的象征，代表了公司的意志和决策。在签署协议时，加盖公章通常意味着公司对该协议内容的认可和接受，具有法律效力。
- 根据《中华人民共和国民法典》及相关法律法规，依法成立的合同，自成立时生效，但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外。加盖公章是合同成立并生效的一种常见方式。
法人章的作用：
- 法人章，即法定代表人的个人印章，主要用于代表法定代表人个人行使权力或签署文件。在某些情况下，法人章可能用于确认法定代表人的个人身份或授权。
- 然而，并非所有协议都需要加盖法人章。在大多数情况下，只要协议内容合法、双方意思表示真实，且加盖了公司公章，该协议即具有法律效力。
不同情况下的效力判断：
- 一般商业协议：对于一般的商业协议，如买卖合同、服务合同等，只要加盖了公司公章，通常即视为公司对该协议的认可，无需额外加盖法人章。
- 特定类型协议：对于某些特定类型的协议，如涉及公司重大决策、资产转让、股权变更等，可能要求同时加盖公章和法人章，以体现公司及法定代表人的双重认可。但这种情况并非绝对，具体还需根据相关法律法规和协议内容来判断。
- 法律法规要求：如果相关法律法规或行业规范明确规定签署某类协议时必须同时加盖公章和法人章，则必须遵守该规定，否则可能导致协议无效或产生其他法律后果。
法律建议：
- 在签署协议前，务必仔细阅读协议内容，了解协议的性质、目的和双方的权利义务。
- 根据协议的性质和内容，判断是否需要加盖法人章。如果不确定，可以咨询专业律师或相关机构。
- 确保加盖的公章和法人章（如需）真实、有效，且符合相关法律法规和行业规范的要求。
- 保留好协议原件及相关签署文件，以备不时之需。
后续行动与风险防范：
- 如果在签署协议过程中遇到任何疑问或不确定的情况，应及时向专业律师咨询，以确保协议的合法性和有效性。
- 在协议履行过程中，密切关注对方的履行情况，如发现对方有违约行为或可能损害公司利益的情况，应及时采取法律措施进行维权。
如有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。