关于“中标通知书不通过代理可以吗”这一问题，我们需要从政府采购的相关法规和实际操作流程来进行解答。

首先，要明确的是，政府采购项目中，中标通知书的发出通常与代理机构相关，但并非所有情况下都必须通过代理机构。具体来说：

1. 如果项目属于集中采购目录以内：

   • 根据《政府采购法》及相关规定，这类项目必须委托集中采购代理机构进行采购。在这种情况下，中标通知书的发出通常会由代理机构负责，因为它代表了采购人进行具体的采购操作。

2. 如果项目未纳入集中采购目录：

   • 采购人可以选择自行采购，也可以委托集中采购机构或其他符合条件的代理机构进行采购。
   • 当采购人选择自行采购时，中标通知书的发出自然由采购人自己负责，无需通过代理机构。
   • 当采购人选择委托代理机构时，中标通知书的发出则由代理机构负责。

从实际操作的角度来看，中标通知书的发出是一个重要的法律程序，它标志着采购活动的正式结束和中标结果的确认。无论是否通过代理机构，采购人都必须确保中标通知书的及时、准确发出，并遵守相关的法律法规和程序要求。

此外，值得注意的是，即使采购人选择自行采购，也仍然需要遵守政府采购的相关法律法规和程序要求，包括但不限于编制采购文件、发布采购公告、组织评审、确定中标供应商等。

综上所述，中标通知书不通过代理机构发出是可以的，但前提是采购人选择自行采购且符合相关法律法规和程序要求。如果采购人选择委托代理机构进行采购，则中标通知书的发出通常由代理机构负责。在任何情况下，采购人都必须确保中标通知书的及时、准确发出，并遵守相关的法律法规和程序要求。