关于“中标通知书只有代理机构盖章行不行”的问题，这主要取决于具体的招标法规以及招标文件的规定。一般来说，我们需要从以下几个方面进行考虑：

首先，根据招标代理的通常做法，中标通知书应当由招标人（或称为采购人）发出，并且通常需要加盖招标人的公章以确认其有效性。代理机构作为招标人的委托方，其主要职责是代理招标人进行招标活动的组织和管理，包括发布招标信息、接收投标文件、组织评标等。然而，在中标通知书的发放上，代理机构通常不是直接的发出方，而是需要招标人的确认和授权。

其次，从法律效力的角度来看，只有加盖了招标人公章的中标通知书才具有正式的法律效力。这是因为公章是法人单位的法定印章，代表了单位的意志和承诺。如果中标通知书仅由代理机构盖章，而没有招标人的公章，那么其在法律上的效力可能会受到质疑。

此外，还需要考虑招标文件的具体规定。有些招标文件可能会明确规定中标通知书的发放方式和盖章要求。如果招标文件明确要求中标通知书需要加盖招标人的公章，那么代理机构单独盖章的中标通知书就不符合招标文件的规定。

综上所述，中标通知书通常不能仅有代理机构盖章，而应当加盖招标人的公章以确保其有效性和合法性。如果在实际操作中遇到此类问题，建议咨询相关的法律专业人士或招标监管机构以获取更具体的指导和帮助。同时，也建议招标人在招标文件中明确规定中标通知书的发放方式和盖章要求，以避免不必要的纠纷和争议。