电子中标通知书不可以只有代理的章子。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
法律效力角度：
- 中标通知书是招标人向中标人发出的，表明其已接受中标人的投标，并愿意与其签订合同的书面通知。它具有法律效力，是合同成立的重要证据。
- 根据相关法律法规，中标通知书应当加盖招标人的公章或合同专用章，以证明其真实性和合法性。如果只有代理的章子，可能无法充分证明招标人的真实意愿，从而影响中标通知书的法律效力。
代理权限角度：
- 代理人在代理权限内，以被代理人的名义实施的民事法律行为，对被代理人发生效力。但是，代理行为必须在代理权限范围内进行，且需要明确代理人的身份和权限。
- 如果代理人在发出中标通知书时，没有明确的授权或超越了代理权限，那么该中标通知书可能无效。即使代理人在代理权限内行事，但中标通知书上只有代理的章子，而没有招标人的公章或合同专用章，也可能引发关于代理权限和真实性的争议。
实际操作角度：
- 在实际操作中，为了确保中标通知书的真实性和合法性，招标人通常会要求在中标通知书上加盖自己的公章或合同专用章。
- 如果中标通知书上只有代理的章子，可能会给中标人带来不必要的困扰和风险，如担心中标通知书的真实性、担心合同无法顺利签订等。
法律建议：
- 对于招标人而言，应当确保中标通知书上加盖自己的公章或合同专用章，以证明其真实性和合法性。
- 对于中标人而言，如果收到只有代理章子的中标通知书，应当谨慎对待，并及时与招标人沟通确认中标通知书的真实性和有效性。如果招标人无法提供充分的证明或解释，中标人有权拒绝接受该中标通知书，并寻求法律途径维护自己的权益。
可能后果：
- 如果中标通知书上只有代理的章子，且无法证明招标人的真实意愿和代理权限，那么该中标通知书可能被视为无效。这将导致招标人和中标人之间的合同关系无法成立，双方可能需要重新进行招标和投标活动，从而浪费时间和资源。
综上所述，电子中标通知书不可以只有代理的章子，而应当加盖招标人的公章或合同专用章以确保其真实性和合法性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。