发工资已经包含竞业协议补偿的做法，在大多数情况下是不合法的，但在特定条件下也可能被认定为合法。以下是对此问题的详细分析：

1. 法律性质与区别：

   • 工资是劳动者付出劳动后应得的报酬，而竞业限制补偿金则是用人单位因限制劳动者离职后的就业范围而对劳动者作出的经济补偿。两者性质不同，工资是劳动者在职期间的收益，而竞业限制补偿金则是离职后的补偿。

2. 法律法规依据：

   • 根据《关于工资总额组成的规定》第四条，工资总额并未包括竞业限制补偿金。
   • 《中华人民共和国劳动合同法》第二十三条明确规定，用人单位应在解除或终止劳动合同后，按月给予劳动者竞业限制经济补偿。这进一步强调了竞业限制补偿金的独立性，表明其不应包含在工资中。

3. 司法实践考量：

   • 多数司法判例倾向于认为，将竞业限制补偿混在工资里发放会损害劳动者权益，因为两者性质不同，且可能导致劳动者在职期间实际领取的工资组成不清晰。
   • 如果用人单位与劳动者在劳动合同或竞业限制协议中明确约定工资中包含竞业限制补偿，并满足以下条件，有可能被认定为合法：协议中要清晰说明工资的构成部分及竞业限制补偿的具体数额和计算方式；所包含的竞业限制补偿数额应合理，不低于法定标准或行业通行标准。然而，这种做法在司法实践中存在争议，且容易被认定为损害劳动者权益。

4. 实践操作建议：

   • 为避免劳动争议和法律风险，用人单位应当严格按照法律规定和合同约定，在竞业限制期限内按月向劳动者支付独立的竞业限制补偿金。
   • 劳动者如认为用人单位将竞业限制补偿不合理地包含在工资中，可与用人单位协商解决；协商不成时，可通过劳动仲裁或诉讼等法律途径维护自身权益。

总结与建议： 从法律性质、规定及实践操作角度考虑，建议用人单位将竞业限制补偿独立于工资支付，以确保双方权益的清晰与明确。如果用人单位已经将竞业限制补偿包含在工资中，建议尽快与劳动者协商修改合同，明确竞业限制补偿的支付方式和数额，以避免潜在的劳动争议和法律风险。同时，劳动者也应关注自身权益，若发现用人单位支付的工资中竞业补偿部分不符合法律规定，应及时与用人单位沟通协商，必要时通过法律途径维护自身合法权益。

如有任何关于劳动工伤（工资福利）方面的法律问题，欢迎直接向我咨询。