公司入职工资按缺勤算，这一做法的合理性取决于公司的具体规定以及是否违反了相关法律法规。

首先，从法律层面来看，《中华人民共和国劳动合同法》中并没有对员工旷工一天工资扣除的具体标准做出明确定义和要求。这意味着，法律并未直接规定公司是否可以按缺勤天数扣减员工工资，而是留给了公司一定的自主权来制定内部管理规定。

然而，公司在制定相关规定时，必须确保其内容合法、合理，且不违反劳动法的基本原则。具体来说，公司应注意以下几点：

1. 内部规定需合法：公司制定的关于缺勤扣工资的规定，必须符合国家法律法规的相关规定，不能侵犯员工的合法权益。

2. 扣款额度有限制：当月内企业对员工工资的各项扣除额度的总和，不得超过员工当月应得基本工资的百分之二十。这是为了保障员工的基本生活需求，避免因过度扣款而影响其正常生活。

3. 扣款方式需明确：公司应明确缺勤扣款的计算方式和标准，确保员工能够清楚了解自己的工资构成和扣款情况。

现在，我们回到原问题“公司入职工资按缺勤算合理吗？”：

• 如果公司制定了合法的内部规定，并且按照规定执行缺勤扣款，且扣款额度未超过员工当月应得基本工资的百分之二十，那么这种做法在法律上是合理的。
• 但如果公司没有制定相关规定，或者扣款方式不明确、不合理，甚至违反了劳动法的相关规定，那么这种做法就是不合理的。

因此，建议你在面对这种情况时，首先查看公司的内部规定，了解其是否合法、合理，并咨询相关专业人士（如我这样的律师）以获取更具体的法律建议。如果你认为公司的做法存在不合法或不合理之处，可以通过法律途径来维护自己的合法权益。