公司因员工漏打卡扣工资处罚的行为，在法律上通常是不合法的。以下是对此问题的详细分析：

1. 法律性质分析：

   • 罚款是剥夺公民财产权的行为，属于财产处罚范畴，必须要有严格的法律依据。
   • 根据《中华人民共和国立法法》和《中华人民共和国行政处罚法》的规定，对财产的处罚只能由法律、法规和规章设定。
   • 私企作为以营利为目的的经济组织，在规章制度中设定罚款条款本身于法无据，无权做出罚款的决定。

2. 公司管理权限：

   • 公司虽然有权制定考勤制度并要求员工遵守，但对于违反考勤制度的行为，公司不能采取罚款作为处罚措施。
   • 如果公司认为员工漏打卡属于违反考勤制度，可以采取其他合法合理的措施进行管理和纠正，如口头警告、书面警告、扣减绩效奖金等，但不得直接扣减员工的基本工资。

3. 实际案例：

   • 有案例中，员工因漏打卡被公司扣除大量工资，甚至导致工资为负，这种情况显然是不合理的，也违反了法律规定。
   • 员工在面对此类情况时，有权向公司提出质疑，并要求公司按照法律规定进行处理。

4. 法律建议：

   • 如果公司因员工漏打卡而扣工资，员工可以首先与公司进行沟通，要求公司说明扣款的依据和合理性。
   • 如果公司无法提供合法的扣款依据，员工可以向当地劳动监察部门投诉，要求维护自己的合法权益。
   • 在必要时，员工还可以寻求法律援助或提起劳动仲裁，通过法律途径维护自己的权益。

综上所述，公司因员工漏打卡扣工资处罚的行为通常是不合法的。员工在面对此类情况时，应了解自己的合法权益，并采取适当的措施进行维权。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。