公司因员工漏打一次卡就扣除整天工资的做法是不合法的。以下从几个角度为你详细分析：
法律背景与规定
工资支付规定：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 这意味着，即使员工因漏打卡给公司造成了某种形式的“损失”（这种损失本身往往难以直接量化且与漏打卡行为之间的因果关系较弱），公司也不能随意扣除员工整天工资，而是需要遵循上述的扣除限额规定。
规章制度合法性：
- 公司规章制度中关于漏打卡扣除工资的规定，必须合法、合理且经过民主程序制定，并已向员工公示或告知。如果规章制度中的相关规定违反了法律法规的强制性规定，或者未经民主程序制定、未向员工公示，那么这些规定对员工是不具有法律约束力的。
- 在实践中，很多公司的规章制度中虽然规定了漏打卡的处罚措施，但往往因为缺乏民主程序或未向员工公示而被认定为无效。
实际操作与建议
与公司沟通：
- 如果你遇到了公司因漏打卡而扣除整天工资的情况，首先可以尝试与公司进行沟通，了解公司扣除工资的具体依据和理由。
- 在沟通过程中，你可以指出公司的做法可能违反了相关法律法规的规定，并要求公司按照法律法规的规定进行工资支付。
收集证据并投诉：
- 如果公司拒绝改正其违法行为，你可以开始收集相关证据，如工资条、考勤记录、公司规章制度等，以证明公司存在违法行为。
- 然后，你可以向当地的劳动监察部门投诉公司的违法行为，要求劳动监察部门介入调查并处理。
申请劳动仲裁：
- 如果劳动监察部门的处理结果不能满足你的需求，或者公司拒绝执行劳动监察部门的处理决定，你还可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。
- 在劳动仲裁过程中，你需要提供充分的证据来证明公司的违法行为以及你因此遭受的损失。劳动争议仲裁委员会将根据事实和法律法规的规定作出裁决。
可能的法律后果
- 如果公司因漏打卡而扣除员工整天工资的行为被认定为违法，那么公司可能需要承担补发工资、支付经济补偿金等法律责任。
- 此外，如果公司的违法行为给员工造成了其他损失（如精神损害等），员工还可以要求公司承担相应的赔偿责任。
综上所述，公司因员工漏打一次卡就扣除整天工资的做法是不合法的。如果你遇到了这种情况，建议先与公司进行沟通协商；如果协商无果，可以收集证据并向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。有问题可以直接向我咨询。