单位私设扣职工双薪是不合法的。

首先，我们要明确，工资是劳动者基于与用人单位的劳动关系所获得的报酬，是劳动者生活的主要来源，受法律严格保护。用人单位无权随意扣减劳动者的工资。

其次，根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位扣减劳动者工资必须基于法定事由，如劳动者违反劳动纪律、旷工、因工作失误造成损失等，并且需要按照法定程序进行，如提前告知劳动者、听取劳动者申辩等。而“私设扣职工双薪”显然不属于这些法定事由，也未经法定程序，因此是违法的。

再者，即使用人单位有内部规章制度规定可以扣减工资，但该规章制度也必须符合法律法规的规定，不能侵犯劳动者的合法权益。如果规章制度违反法律法规，那么该规章制度也是无效的。

综上所述，单位私设扣职工双薪是不合法的，劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。如果你遇到了这样的情况，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。