药店不能因药品6个月效期问题让新员工赔偿。

首先，我们需要明确一点，药店作为商品的销售者，有责任确保所售商品的品质和安全，包括药品的有效期。新员工在入职时，药店应该对其进行相关的培训，确保其了解药品的储存、销售以及有效期管理等方面的规定。

如果药品在6个月效期内出现了问题，比如过期、变质等，这通常是药店管理不善或者采购、储存等环节出现了问题，而不是新员工个人的责任。因此，药店不能简单地将责任归咎于新员工，并要求其赔偿。

此外，从法律角度来看，药店要求新员工赔偿因药品效期问题造成的损失，也缺乏法律依据。除非有明确的证据证明新员工存在故意或者重大过失，否则药店不能单方面要求新员工承担赔偿责任。

综上所述，药店不能因药品6个月效期问题让新员工赔偿。如果药店遇到了类似的问题，应该通过加强内部管理、改进采购和储存流程等方式来解决问题，而不是将责任转嫁给新员工。如果你在这方面有进一步的法律问题或疑问，可以直接向我咨询。