药店闭店时，要求员工赔偿效期药品的损失是否合法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下是从不同角度进行的详细分析：
一、通常情况下的责任归属
药店的整体经营责任：
- 药品的有效期管理是药店作为经营主体的整体责任。药店有义务建立完善的药品质量管理体系，包括采购、验收、储存、养护和销售等环节，以确保药品在有效期内符合质量要求。
- 若药品过期主要因药店管理不善（如采购计划不合理、库存管理不当、养护措施不到位等）或供应链问题导致，员工通常无需承担赔偿责任。
员工的职务行为：
- 员工在药店工作，按照药店的管理制度和工作要求进行操作，其行为属于职务行为。在正常履行工作职责的情况下，即使出现效期药，也不应由员工承担赔偿责任。
二、员工可能承担责任的特殊情况
员工存在重大过错：
- 如果员工存在故意或重大过失行为，如违反药品储存条件规定（如未按要求将需要冷藏的药品放入冰箱导致药品提前失效）、故意隐瞒药品临近效期的情况造成药品过期等，药店要求员工赔偿具有一定合理性。
- 但在此情况下，药店也需确保赔偿要求符合相关法律法规，并遵循公平合理的原则，不能要求员工承担远超其过错程度的不合理赔偿金额。
劳动合同或店内规定的约定：
- 药店可能会在劳动合同或店内规定中明确员工对药品效期的管理责任及相应的赔偿条款。若员工违反了这些规定，根据合同条款，员工可能需要承担相应的赔偿责任。
- 然而，这些规章制度需经过民主程序制定（如经过职工代表大会或全体职工讨论等），并已向员工公示，否则可能因程序不合法而导致条款无效。
三、赔偿标准与限制
赔偿标准：
- 若员工需承担赔偿责任，赔偿标准通常根据员工的过错程度、药品的实际损失以及药店的内部规定来确定。
- 赔偿金额应合理且符合法律法规规定，不能要求员工承担过重的经济负担。
赔偿限制：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。
- 若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
四、纠纷解决途径
- 在遇到类似纠纷时，建议双方首先通过协商沟通来解决争议。若协商不成，可考虑通过劳动仲裁或法律诉讼等合法途径来维护自身权益。
- 员工若认为药店的要求不合理，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
总结与建议：
药店闭店时要求员工赔偿效期药品的损失是否合法，需根据员工的过失程度、药店的管理制度、劳动合同和店内规定等多个因素进行综合判断。在处理此类问题时，应遵循公平、合理、合法的原则，确保双方的合法权益得到妥善保护。若遇到纠纷，建议通过协商、调解、仲裁或诉讼等合法途径来解决。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。