公司不能私自扣员工工资。公司或用人单位在支付工资时，必须严格遵守《中华人民共和国劳动法》《劳动合同法》及《工资支付暂行规定》等相关法律法规，确保工资支付的合法性和合理性。

一、法律规定

1. 《中华人民共和国劳动法》明确规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
2. 《工资支付暂行规定》也指出，用人单位不得克扣劳动者工资，只有在特定法定情形下才能代扣或扣除工资。

二、合法扣减工资的情形

在以下特定情况下，公司可以合法扣减工资：

1. 代扣代缴费用：如个人所得税、社会保险和住房公积金等，公司需按照法律规定代扣员工应承担的部分。
2. 法院判决、裁定中的代扣：如抚养费、赡养费等法律判决或裁定，公司需协助执行，从工资中扣除相应款项。
3. 经济损失赔偿：因劳动者本人原因给公司造成经济损失的，公司可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
4. 员工请事假等特殊情况：员工请事假时，公司可按规定扣除相应事假期间的工资。

三、公司扣工资的违法后果

如果公司违反规定随意扣减员工工资，将承担以下法律后果：

1. 劳动行政部门的处罚：劳动行政部门有权责令公司限期支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金。
2. 劳动者的维权途径：劳动者可以通过与公司协商、向劳动监察部门投诉、申请劳动争议仲裁或提起诉讼等方式来维护自己的合法权益。

四、建议

1. 公司应遵守法律法规：在制定工资支付制度时，应严格遵守相关法律法规的规定，确保工资支付的合法性和合理性。同时，应建立健全的工资管理制度，明确工资支付的标准、时间和方式。
2. 员工应了解自身权益：员工应了解自己的工资支付权益，包括工资构成、支付时间、支付方式等。如遇到公司随意扣减工资的情况，应及时通过合法途径维护自己的权益。

综上所述，公司不能私自扣员工工资，必须遵守相关法律法规的规定。在特定法定情形下，公司才能合理扣减工资，且必须遵循规定的程序和限额。如有任何疑问或遇到相关问题，请随时向我咨询。