工资的计算应以劳动合同约定为基础，同时参考工时确认表及双方确认的工时。具体分析如下：

一. 劳动合同约定的重要性

1. 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》第十六条，劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。因此，劳动合同中关于工资的约定，是双方必须遵守的法律文件。
2. 约定内容：劳动合同中通常会明确工资的计算方式、标准、支付时间等关键条款，这些条款是处理工资争议的重要依据。

二. 工时确认表及双方确认的工时的作用

1. 补充证据：虽然劳动合同是主要的法律依据，但在实际操作中，工时确认表及双方确认的工时可以作为补充证据，用于证明劳动者实际提供的工作时间。
2. 实际情况反映：工时确认表通常记录了劳动者的出勤情况、加班时间等，经双方确认后，可以更准确地反映劳动者的实际工作量和应得工资。

三. 综合分析

1. 以劳动合同为基础：在处理工资争议时，首先应依据劳动合同中关于工资的约定进行判断。如果劳动合同中有明确的工资计算方式和标准，那么应按照约定执行。
2. 参考工时确认表：如果劳动合同中的工资约定与工时确认表及双方确认的工时存在出入，或者劳动合同中未明确具体工时与工资的关系，那么可以参考工时确认表及双方确认的工时来确定实际应支付的工资。
3. 公平合理原则：在任何情况下，工资的计算和支付都应遵循公平合理的原则，确保劳动者的合法权益得到保障。

我建议，在处理具体工资争议时，应首先查阅劳动合同中关于工资的约定，并结合工时确认表及双方确认的工时进行综合判断。如果双方对工资计算存在争议，可以通过协商、调解或仲裁等方式解决。如有进一步需要，您可以继续咨询我。