关于“离职人员发放奖金能否扣除5000”的问题，这并非一个简单的是非题，而是需要根据具体情况来判断。以下是我基于法律角度的详细分析：

核心结论：离职时公司能否扣除奖金中的5000元，取决于奖金的发放条件、公司制度以及员工离职的具体原因。

1. 奖金已实际发放且无附加条件：

   • 如果奖金已经发放给员工，并且没有约定任何附加条件（如服务期要求、绩效考核等），那么公司通常无权以离职为由单方面扣除奖金中的5000元。

2. 奖金发放条件未成就：

   • 如果公司规定奖金的发放需要满足特定条件（如员工需在职至某个日期、完成特定项目等），而员工在条件成就前离职，那么公司有权根据制度不支付或追回已预发的奖金，包括其中的5000元。

3. 员工存在重大过错：

   • 如果员工因严重失职、违规等行为导致公司重大损失，并且公司已经通过奖金形式预付了部分报酬，那么公司有权根据《工资支付暂行规定》要求员工赔偿经济损失，并从工资或奖金中扣除。但扣除的数额需遵循法律规定，即每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。

4. 双方协商一致：

   • 如果劳动合同或公司规章制度中明确规定离职时需退还部分或全部奖金，并且员工在入职时已签字确认，那么公司扣除奖金中的5000元可能具有合法性。

综上所述，离职人员发放奖金能否扣除5000元，需要具体问题具体分析。建议员工在离职前仔细审阅劳动合同及公司制度，明确奖金的发放条件和离职处理规则；同时，公司也应完善奖金发放制度，确保操作的合法性和合规性。如有任何疑问或争议，双方应优先通过协商解决，必要时可寻求劳动仲裁或诉讼等法律途径来维护自己的权益。