月底最后一天离职，5000元工资是否还能扣除，需视具体情况而定，但通常情况下，用人单位无权随意扣除。以下是从不同角度进行的分析：
一、工资扣除的合法性原则
根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位在支付劳动者工资时，应当遵循合法、公平、等价有偿的原则，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，除非有明确的法律规定或合同约定，否则用人单位不得随意扣除劳动者的工资。
二、可能扣除工资的情形
法定扣除：
- 根据法律规定，如劳动者因个人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，不过每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 此外，如果劳动者因违反公司规章制度或法律法规而被罚款，这部分罚款也可能从工资中扣除，但同样需要遵循上述的扣除比例和最低工资标准的规定。
合同约定扣除：
- 如果劳动合同中明确约定了某些情况下可以扣除工资，且这些约定不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位在符合约定条件的情况下可以扣除工资。但这种情况下的扣除也必须合理且合法。
三、月底最后一天离职的特殊性
- 对于月底最后一天离职的情况，如果劳动者已经完成了当月的工作任务，且没有违反公司规章制度或法律法规的行为，那么用人单位通常无权扣除其工资。
- 如果劳动者在离职前存在未完成的工作任务或违反公司规定的行为，用人单位可以根据相关规定或合同约定进行扣除，但同样需要遵循扣除比例和最低工资标准的规定。
四、建议与注意事项
核查合同与规定：
- 劳动者在离职前应仔细核查劳动合同和公司规章制度中关于工资扣除的条款，确保自己的权益不受侵害。
保留证据：
- 如果劳动者认为用人单位存在无故扣除工资的行为，应保留相关证据（如工资条、银行转账记录、公司通知等），以便在必要时维护自己的权益。
协商与投诉：
- 如果发生工资扣除争议，劳动者应首先与用人单位进行协商。如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
总结来说，月底最后一天离职时，5000元工资是否还能扣除取决于具体情况。如果劳动者没有违反公司规定或法律法规的行为，且已经完成了当月的工作任务，那么用人单位通常无权扣除其工资。如果有任何疑问或争议，建议直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议。