结论前置：员工离职后，未发的奖金是否会被扣除，主要取决于奖金的性质、发放条件以及公司规章制度或劳动合同中的具体约定。以下从不同角度进行详细分析：
一、奖金性质与发放条件
奖金作为工资的一部分：
- 根据《关于工资总额组成的规定》，奖金属于工资的范畴，是用人单位对劳动者超额劳动或增收节支实绩的货币奖励。因此，除非有合法且合理的扣除依据，否则用人单位应当按时、足额支付员工的奖金。
附条件的奖金：
- 奖金的发放常附带条件，如绩效考核达标、完成特定项目等。若员工在离职时已满足这些条件，则用人单位无权扣除奖金。
- 示例：若公司规定“年度绩效奖金需在次年3月发放，且员工需在职至该日期”，但员工在离职前已完成年度绩效考核且达标，即使离职，公司也应按照约定发放奖金。
未达到奖金发放条件：
- 如果奖金发放有明确的业绩指标、考核要求等前提条件，而员工在离职时确实没有达到这些条件，那么用人单位不发放奖金可能是合理的。
- 示例：若公司规定“项目奖金在项目验收且员工在职满6个月后发放”，员工在项目验收前离职，则公司可能无需支付项目奖金。
二、公司规章制度与劳动合同
明确约定：
- 若劳动合同或公司规章制度中明确规定了奖金的发放条件、标准和时间，且员工已满足这些条件，则用人单位在员工离职时扣发奖金将构成无故拖欠工资的行为，违反了劳动法的规定。
- 示例：若合同中规定“员工离职时，若已完成年度工作且绩效考核达标，应发放年度奖金”，则员工离职时公司应支付奖金。
未明确约定或规定不合理：
- 若劳动合同和规章制度未明确规定奖金事宜，或扣除条款显失公平（如离职即全额扣回），则可能被认定为无效，用人单位无权扣除奖金。
- 示例：若公司规章制度中规定“员工离职时，无论是否满足奖金发放条件，均扣除已发奖金的50%”，则该条款可能因显失公平而被认定为无效。
三、特殊情况下的合法性判断
员工存在重大过错：
- 若员工因严重失职导致公司重大损失，且公司已通过奖金形式预付部分报酬，公司可根据《工资支付暂行规定》第十六条，要求员工赔偿经济损失，并从工资中扣除（每月扣除不超过当月工资的20%）。但需确保扣款后剩余工资不低于当地最低工资标准。
公司恶意阻止奖金发放条件成就：
- 若用人单位恶意阻止奖金发放条件成就，如为了不支付奖金而故意辞退员工，法律可能会进行干预。根据相关法律原则，当事人为自己的利益不正当地阻止条件成就的，视为条件已成就。在此情况下，离职员工仍有权获得奖金。
四、建议与行动
查阅合同与制度：
- 离职员工在主张奖金权益时，首先应查阅劳动合同和公司规章制度，了解其中是否有关于奖金的相关规定。
保留证据：
- 保留好过往奖金发放记录、与公司沟通的记录等证据，以备不时之需。
协商与投诉：
- 尝试与公司沟通协商，争取自身权益。若协商无果，可以向当地劳动保障监察机构投诉举报，或向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
法律途径：
- 若经过仲裁后，用人单位仍然拒不执行，可以向法院提起诉讼，要求用人单位承担法律责任。
总结：员工离职后，未发的奖金是否会被扣除，需综合考虑奖金的性质、发放条件、公司规章制度或劳动合同中的具体约定以及特殊情况下的法律干预等因素。在处理此类问题时，建议离职员工首先查阅相关合同与制度，保留好相关证据，并通过协商、投诉或法律途径维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。