针对施工单位不配合行政机关调查的情况，行政机关可以采取一系列的惩戒措施来确保其配合调查工作。以下是对此问题的详细解答：

首先，明确结论：施工单位不配合行政机关调查，行政机关有权采取多种惩戒措施，包括但不限于行政处罚、责令改正、通报批评等，甚至可能面临更严重的法律后果。

接下来，具体阐述：

1. 行政处罚：

   • 根据相关法律法规，行政机关可以对不配合调查的施工单位进行行政处罚，如罚款、警告等。这些处罚措施旨在促使施工单位认识到其不配合调查行为的严重性，并督促其改正。

2. 责令改正：

   • 行政机关可以责令施工单位立即改正其不配合调查的行为，要求施工单位按照行政机关的要求提供相关资料、接受询问等。如果施工单位拒不改正，行政机关可以进一步采取其他惩戒措施。

3. 通报批评：

   • 行政机关可以将施工单位不配合调查的情况进行通报批评，以警示其他施工单位，形成震慑效应。这种措施不仅会对施工单位的声誉造成影响，还可能影响其未来的业务合作和市场竞争力。

4. 其他法律后果：

   • 如果施工单位的不配合调查行为构成犯罪，如涉嫌妨害公务罪等，行政机关可以依法将其移送司法机关处理，追究其刑事责任。此外，施工单位的不配合行为还可能导致其在相关领域的资质被吊销或降级，进而影响其业务开展。

最后，总结建议： 施工单位应当充分认识到配合行政机关调查的重要性，积极响应行政机关的调查要求，提供相关资料和协助。如果确实存在困难或疑虑，应当及时与行政机关沟通并寻求解决方案。避免因为不配合调查而面临不必要的法律风险和损失。

如果您或您所在的施工单位面临类似问题，建议及时咨询专业律师，以便更好地了解自身权益和义务，并寻求合适的法律解决方案。作为李剑敏律师，我擅长处理包括行政纠纷在内的多种法律事务，欢迎随时向我咨询。