不配合行政机关调查，行政机关可以采取以下措施：
依法进行强制措施：
- 根据《中华人民共和国行政处罚法》及相关法律法规，行政机关在调查取证过程中，如果当事人不配合，行政机关有权依法采取必要的强制措施，如查封、扣押、冻结等，以确保调查的顺利进行。这些措施的实施必须严格遵循法定程序，确保当事人的合法权益不受侵害。
作出不利推定或处罚：
- 在某些情况下，如果当事人无正当理由拒绝配合调查，行政机关可以依据现有证据作出对当事人不利的推定，或者在符合法定条件的情况下，直接对当事人进行处罚。例如，在税务调查中，如果纳税人拒绝提供必要的账簿、凭证等资料，税务机关可以依据其他证据核定其应纳税额，并可能对其进行罚款。
申请法院强制执行：
- 如果行政机关作出的行政决定（如罚款、没收违法所得等）需要当事人履行，而当事人拒绝履行且不配合调查，行政机关可以依法向人民法院申请强制执行。法院在审查后，如果认为行政决定合法有效，将裁定强制执行，并可能采取查封、扣押、拍卖等措施来确保行政决定的履行。
记录不配合行为并影响信用评价：
- 在一些领域，如市场监管、环境保护等，行政机关会将当事人的不配合行为记录在案，并可能将其纳入信用评价体系。这将对当事人的商业信誉、社会评价等产生负面影响，甚至可能影响其未来的经营活动或社会活动。
法律建议：
- 积极配合调查：作为当事人，应当积极配合行政机关的调查工作，提供必要的资料和信息，以便行政机关能够全面、准确地了解事实情况，作出公正、合理的行政决定。
- 了解自身权利：在配合调查的过程中，当事人也有权了解自己的合法权益，如申请回避、陈述申辩等。如果行政机关的行为侵犯了当事人的合法权益，当事人可以依法提出异议或申诉。
- 寻求法律帮助：如果当事人对行政机关的调查或决定有异议，或者不确定如何配合调查，可以寻求专业律师的帮助。律师将能够提供专业的法律意见和指导，帮助当事人维护自己的合法权益。
可能后果：
- 如果当事人不配合行政机关的调查，可能会面临上述措施的实施，包括强制措施、不利推定或处罚、申请法院强制执行以及信用评价受损等。这些后果将对当事人的经济利益、商业信誉和社会评价产生负面影响。
因此，我建议当事人在面对行政机关的调查时，应当积极配合，了解自身权利，并在必要时寻求法律帮助，以维护自己的合法权益。如果有任何法律问题，可以直接向我咨询。