单位承包合同不合法时，一般不可以单独起诉乙方。下面我来详细解释：

在单位承包合同不合法的情况下，合同的效力、履行以及责任承担等问题都会受到法律的影响。首先，我们要明确的是，合同的合法性是合同有效的基础，如果合同本身不合法，那么合同就可能被视为无效或部分无效。

1. 合同无效的法律后果：

   • 根据《民法典》的相关规定，无效的合同自始没有法律约束力。这意味着，如果合同被认定为无效，那么合同中的条款就不能作为双方权利义务的依据。
   • 对于因合同无效而造成的损失，双方可能需要根据各自的过错程度承担相应的责任。

2. 不能单独起诉乙方的理由：

   • 当合同被认定为无效时，双方之间的法律关系就发生了变化。此时，单独起诉乙方可能并不符合法律的规定，因为合同的无效可能涉及到双方的责任，而不仅仅是乙方。
   • 在某些情况下，如果合同的无效是由于乙方的欺诈、胁迫等行为导致的，那么甲方可能有权要求乙方承担相应的法律责任。但是，这并不意味着甲方可以单独起诉乙方，而是需要通过法律程序来确认合同的无效，并据此要求乙方承担相应的责任。

3. 正确的做法：

   • 如果认为单位承包合同不合法，建议首先与乙方进行协商，尝试解决争议。
   • 如果协商无果，可以寻求法律援助或咨询专业律师（比如我），了解具体的法律程序和维权途径。
   • 在必要时，可以通过法律途径来确认合同的无效，并据此要求相关方承担相应的责任。

综上所述，单位承包合同不合法时，一般不可以单独起诉乙方。而是需要根据具体的法律程序和规定来处理合同的无效问题，并据此要求相关方承担相应的责任。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。