首先，我们来看这个问题的核心：甲方未通水，施工单位打井但清单里面含水费，是否可以主张费用。

针对这个问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

1. 合同条款的明确性：

   • 如果施工合同中明确规定了在水源未通的情况下，施工单位有权打井并收取相应的水费，那么施工单位当然可以依据合同条款来主张这部分费用。
   • 反之，如果合同中没有相关规定，或者规定不明确，那么就需要进一步分析其他因素。

2. 实际施工需要与合理性：

   • 如果打井是实际施工过程中的必要步骤，且水费是因此而产生的合理费用，那么即使合同中没有明确规定，施工单位也有可能根据实际情况和公平原则来主张这部分费用。
   • 但如果打井并非必要，或者水费的产生并不合理，那么施工单位主张费用的依据就会相对薄弱。

3. 双方的协商与沟通：

   • 在实际情况中，双方可以通过协商来解决这个问题。如果甲方认可施工单位打井并收取水费的合理性，那么双方可以达成一致，施工单位就可以主张这部分费用。
   • 如果双方存在分歧，那么就需要通过更进一步的沟通或者法律途径来解决。

综上所述，是否可以主张费用取决于多个因素，包括合同条款的明确性、实际施工需要与合理性以及双方的协商与沟通情况。因此，我建议施工单位在主张费用之前，先仔细审查合同条款，评估打井和水费产生的合理性，并与甲方进行充分的沟通与协商。如果双方无法达成一致，可以考虑寻求法律途径来解决争议。