结论：施工单位在建设施工合同中明确说明是清包工的情况下，一般不能直接申请管理费，但具体能否获得管理费需视合同约定及实际履行情况而定。以下从不同角度进行分析：
合同约定的角度：
- 清包工合同通常意味着施工单位仅负责提供劳务，而不承担材料采购、设备租赁等管理职责。因此，在合同明确约定为清包工的情况下，施工单位一般无权要求支付管理费，因为管理费通常与施工单位承担的管理职责相关联。
- 如果合同中明确约定了施工单位在特定情况下可以收取管理费，或者合同条款存在模糊之处，导致双方对管理费的支付产生争议，那么施工单位可能有机会根据合同约定主张管理费。但这种情况下，施工单位需要提供充分的证据证明其符合合同约定的条件。
实际履行的角度：
- 即便合同约定为清包工，如果施工单位在实际履行过程中承担了额外的管理职责，如组织协调、质量控制、安全管理等，且这些职责超出了其作为劳务提供者的基本范围，那么施工单位可能有权要求支付相应的管理费。但这种情况下，施工单位需要证明其实际履行了这些管理职责，并且这些职责是合同之外额外增加的。
- 如果施工单位未能证明其实际履行了管理职责，或者其主张的管理费与实际履行的职责不符，那么其要求支付管理费的请求可能不会被支持。
法律规定的角度：
- 在建设工程领域，管理费的支付通常与施工单位的资质、合同约定以及实际履行情况等因素相关。如果施工单位没有相应的资质或者合同中没有明确约定管理费，那么其要求支付管理费的请求可能缺乏法律依据。
- 同时，根据《民法典》等相关法律法规的规定，合同双方应当遵循诚实信用原则，按照合同约定履行各自的义务。如果施工单位在合同履行过程中存在违约行为或者未按照合同约定履行义务，那么其要求支付管理费的请求也可能受到限制。
建议：
- 对于施工单位而言，在签订清包工合同时，应明确约定双方的权利义务，特别是关于管理费的支付条件和方式。如果合同中存在模糊之处或者未明确约定管理费，施工单位应在合同履行过程中与发包方进行协商，并保留好相关证据以备不时之需。
- 如果双方对管理费的支付产生争议，施工单位可以通过协商、调解、仲裁或者诉讼等方式解决争议。在解决争议的过程中，施工单位应提供充分的证据证明其符合合同约定的条件或者实际履行了管理职责。
可能后果：
- 如果施工单位未经合同约定或者未实际履行管理职责而要求支付管理费，可能会面临发包方的拒绝支付或者法律诉讼的风险。这不仅会影响施工单位的经济利益，还可能对其声誉和信誉造成损害。
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