旷工3天自动离职扣9天工资是不合法的。

一. 法律依据与分析

1. 不合法的原因：根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。旷工三天扣九天工资的做法，实际上是对劳动者进行了额外的惩罚性罚款，这违反了劳动法的规定。
2. 工资扣除的合理范围：根据《工资支付暂行规定》，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但经济损失的赔偿，每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。因此，即使劳动者旷工，用人单位也不能随意扣除其工资，扣除部分需合理且不得低于最低工资标准。

二. 对旷工行为的处理建议

对于旷工行为，用人单位应该通过合法手段进行处理，如第一次旷工，可以通过口头或书面警告，让劳动者认识错误并责令反省；第二次旷工，可以通报批评给予警示，由主管领导进行谈话，记大过处分；第三次旷工，可以考虑开除或劝退。而不是通过扣除多余工资的方式进行惩罚。

三. 总结

综上所述，旷工3天自动离职扣9天工资的做法是不合法的，违反了劳动法的相关规定。用人单位在处理旷工行为时，应该遵循合法、合理、公正的原则，通过合法手段进行处理，而不是随意扣除劳动者的工资。我建议，如果你遇到了类似的情况，可以向当地劳动监察部门投诉，维护自己的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。