当职工休病假超过医疗期时，处理办法主要遵循我国相关法律规定。以下是对此问题的详细解答：
一、法律规定与权益
医疗期定义与长度：
- 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，医疗期是指企业职工因患病或非因工负伤停止工作治病休息不得解除劳动合同的时限。
- 医疗期的长度根据职工实际参加工作年限和在本单位工作年限确定，从三个月到二十四个月不等。
医疗期满后的处理：
- 如果职工在医疗期满后仍然不能治愈，且不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作，用人单位有权依据法定程序解除劳动合同。
- 在这种情况下，用人单位需要提前三十日以书面形式通知劳动者本人，或者额外支付劳动者一个月工资后，方可解除劳动合同。
经济补偿：
- 如果用人单位依法解除劳动合同，需要按照有关规定支付经济补偿金给劳动者。
- 经济补偿金的具体数额和支付方式通常依据劳动合同、公司规章制度以及相关法律法规来确定。
二、建议与协商
与用人单位协商：
- 在医疗期即将结束或已经结束时，劳动者可以与用人单位进行协商，探讨是否有可能通过调整工作岗位、工作方式等继续履行劳动合同。
- 双方可以就工作内容、工作时间、工资待遇等方面进行协商，以达成双方都能接受的解决方案。
寻求法律援助：
- 如果用人单位未经法定程序解除劳动合同，或者劳动者对解除劳动合同的决定有异议，劳动者可以寻求法律援助，维护自己的合法权益。
- 劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，或者委托律师提起劳动仲裁或诉讼。
三、注意事项
保留证据：
- 劳动者在休病假期间应保留好相关医疗证明、病假条等证据，以备不时之需。
- 如果用人单位提出解除劳动合同，劳动者应要求用人单位出具书面通知，并妥善保管。
了解法律法规：
- 劳动者应了解相关法律法规，明确自己的权益和义务，以便在必要时依法维权。
综上所述，当职工休病假超过医疗期时，用人单位有权依据法定程序解除劳动合同，但需支付相应的经济补偿。劳动者可以与用人单位进行协商，寻求继续履行劳动合同的可能性；如果协商无果或用人单位违法解除劳动合同，劳动者可以依法维权。在处理过程中，劳动者应保留好相关证据，并了解相关法律法规以维护自己的合法权益。