夫妻户口不在同一区域，各自在居住地都有农村房产证是合法的。下面我详细解释一下：

首先，我国法律并没有规定夫妻双方的户口必须在一起，也没有规定夫妻双方不能各自拥有自己的房产。因此，从法律层面来说，夫妻户口不在同一区域，并不会影响他们各自拥有房产的合法性。

其次，关于农村房产证，它是农村房屋所有权的证明。只要夫妻双方各自通过合法途径获得了农村房屋的所有权，并且办理了相应的房产证，那么他们各自在居住地拥有农村房产证就是合法的。

综上所述，夫妻户口不在同一区域，各自在居住地都有农村房产证是合法的。如果还有其他关于婚姻家庭、遗产继承、离婚等方面的法律问题，欢迎随时向我咨询。