您好，关于您提出的“有结婚证但户口不在一起是否是合法夫妻”的问题，我可以明确地告诉您，只要双方已经依法在婚姻登记机关办理了结婚登记，并领取了结婚证，那么无论双方的户口是否在一起，都是合法夫妻。

现在婚姻登记已经实现了“全国通办”，内地居民申请结婚登记时，男女双方只需要出具本人的居民身份证，以及本人无配偶和与对方当事人没有直系血亲和三代以内旁系血亲关系的签字声明，就可以办理结婚登记，不再需要出具户口簿。这一变化使得办理婚姻登记更加便捷，但并不影响婚姻的合法性。

结婚证的领取是婚姻关系合法化的重要标志，它代表了双方已经按照法律规定完成了结婚登记手续，具有法律效力。户口是否在一起，并不影响婚姻关系的合法性和有效性。因此，您无需担心户口问题对婚姻合法性的影响。

如果您还有其他关于婚姻登记或婚姻关系的问题，欢迎随时向我咨询，我会尽力为您提供详细、准确的解答。