被停职的员工还来上班，用人单位应明确告知其劳动关系已暂停，要求其离开工作场所。具体处理方式如下：

1. 劳动关系暂停的明确告知：

   • 用人单位应首先确认停职程序是否合法，并已明确通知员工。一旦停职程序合法且已通知员工，双方的劳动关系实际上就已暂停。
   • 在此情况下，用人单位应果断地向该员工明确传达其已被停职，劳动关系已暂停，要求其立即离开工作场所。

2. 避免默认继续工作：

   • 若员工拒绝离开并继续工作，用人单位务必保持警惕，避免出现任何默认其继续工作的行为。
   • 例如，不能为其安排新的工作任务，因为一旦安排，就可能被视为对其劳动关系的延续；也不能对其工作进行管理和考核，否则同样可能导致事实劳动关系的认定。

3. 采取进一步措施：

   • 倘若员工的行为严重影响到单位的秩序，或者给单位造成了其他不良后果，用人单位有权采取进一步的措施。
   • 此时，用人单位可以报警，由公安机关依据相关法律法规进行处理。公安机关将根据具体情况，依法对员工的行为进行评估和处置，以维护单位正常的生产经营秩序。

4. 法律依据：

   • 虽然直接针对“被停职员工仍来上班”的具体法条可能不常见，但根据劳动法的一般原则，劳动关系一旦暂停或解除，员工应离开工作场所，否则可能构成对用人单位正常生产经营秩序的干扰。
   • 若员工的行为构成严重干扰或造成损失，用人单位有权依据相关法律法规追究其责任。

综上所述，被停职的员工还来上班时，用人单位应明确告知其劳动关系已暂停，要求其离开工作场所，并避免任何默认其继续工作的行为。若员工行为严重影响到单位秩序或造成不良后果，用人单位有权采取进一步措施，包括报警处理。