当公司制度不合法违反劳动法时，员工的权益确实可能会受到严重损害。为确保您能够依法维护自身权益，以下提供一套详细的应对方案：

一、明确公司制度违法情形

首先，您需要仔细审查公司制度，并对照《中华人民共和国劳动法》及相关法规，明确公司制度具体违反了哪些劳动法规定。常见的违法情形包括：

• 工时与加班违法：如公司规定的加班时间超出法定上限，或未按规定支付加班费。
• 休假制度违法：如剥夺员工的带薪年假、病假等法定权利。
• 薪酬福利违法：如无故克扣工资，或设定的最低工资标准低于当地政府规定的最低工资标准。
• 歧视性规定：基于性别、种族、宗教信仰等因素的歧视性条款，违反了劳动法的平等就业原则。
• 限制员工权利：如禁止员工在工作时间外从事其他合法活动，或限制员工的言论自由等。

二、与公司沟通协商

在确认公司制度存在违法行为后，建议您首先尝试与公司进行友好沟通协商。您可以通过书面形式（如邮件或正式函件）向公司人力资源部门或相关领导明确指出制度中的违法之处，并附上相关法律依据，要求其进行改正。在沟通过程中，请务必保留好相关记录，以备后续使用。

三、向劳动监察部门投诉

如果与公司沟通无果，您可以向当地劳动监察部门提出投诉。投诉时需准备充分的相关材料，包括劳动合同、工资条、考勤记录、公司制度文件以及能证明公司制度违法的其他证据。劳动监察部门将对公司进行调查，并根据调查结果采取相应的处理措施，如责令公司改正违法行为、给予行政处罚等。

四、申请劳动仲裁与诉讼

如果您因公司违法制度遭受了实际损失（如加班工资未足额发放、被非法克扣工资等），且与公司无法达成一致，您可以向当地劳动仲裁委员会申请劳动仲裁。在仲裁过程中，您需要详细陈述公司制度违法的事实及给您造成的损失，并提供充分的证据支持。仲裁机构将根据双方提供的证据和相关法律规定作出裁决。

如果您对仲裁结果不满意，还可以在规定的期限内向人民法院提起诉讼，进一步寻求法律救济。在诉讼过程中，您需要遵循法院的诉讼程序和要求，积极维护自己的合法权益。

五、总结与建议

综上所述，当公司制度违反劳动法时，您应积极运用法律武器来维护自己的合法权益。同时，也建议您在日常工作中增强法律意识，了解自己的权益和义务，以便在权益受到侵害时能够及时采取有效措施进行维权。

此外，对于公司而言，也应加强自查自纠，确保各项制度符合法律法规要求，避免引发不必要的法律纠纷和处罚。通过建立健全的合规制度、加强员工培训等措施，可以进一步提升公司的法治水平和员工满意度。