三轮车非法载客运管局能否管理，需根据具体情况分析。
不属于运管局管辖的情况：
- 在某些地区，如山东省，根据《中华人民共和国道路运输条例》、《道路旅客运输及场站管理规定》、《山东省道路运输条例》的规定，三轮车不属于现行有关交通运输行政法规、规章、地方性法规调整范围之内的运输工具。因此，交通运输部门（包括运管局）不能依据上述规定对三轮车的运输行为进行规范，即不能对三轮车非法载客进行直接管理。
属于其他部门管辖的情况：
- 公安机关交通管理部门：负责维护社会治安和交通秩序，对违反道路交通安全法律、法规的行为进行处罚，包括非法营运的三轮车。若三轮车非法载客违反了道路交通安全法规，公安机关交通管理部门有权进行处罚。
- 城市管理部门（综合执法部门）：在某些城市，城市管理部门也参与对三轮车非法营运的管理，主要关注其对城市交通秩序、环境卫生和市容市貌的影响。对于乱停乱放、随意揽客等行为，城市管理部门有权进行整治。
综合治理与协同作战：
- 非法营运管理是交通秩序管理中的难题，需要公安、交通、城管等多部门协同作战。各部门在各自职责范围内依法履职，同时加强信息共享和联合执法，共同打击三轮车非法营运行为。
综上所述，三轮车非法载客运管局能否管理，取决于当地法律法规的规定以及各部门的职责划分。在某些地区，运管局可能不直接管理三轮车非法载客行为，而是由公安机关交通管理部门或城市管理部门负责。若您面临相关问题，建议咨询当地相关部门或专业律师以获取准确的法律意见。