如双方签订了终止妊娠的协议，但该协议违反了相关法律法规或公序良俗，该协议可能被视为无效。具体分析如下：

一. 协议无效的情形

1. 违反法律法规：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，如果协议内容违反了法律、行政法规的强制性规定，那么该协议无效。例如，协议中涉及非法终止妊娠、侵犯他人合法权益等内容，均可能导致协议无效。
2. 违反公序良俗：如果协议内容违背了公共秩序和善良风俗，如违背社会伦理道德、损害社会公共利益等，该协议同样可能被视为无效。

二. 协议无效的法律后果

1. 恢复原状：协议无效后，双方应尽可能恢复到协议签订前的状态。如果已经根据协议采取了某些行动，应尽快停止并消除影响。
2. 赔偿损失：如果因协议无效导致一方或双方遭受损失，有过错的一方应承担赔偿责任。赔偿范围通常包括直接损失和间接损失。

三. 建议处理方式

1. 协商解决：双方可以友好协商，尝试达成新的协议或解决方案，以避免纠纷进一步扩大。
2. 法律途径：如果协商无果，受害方可以通过法律途径维护自己的合法权益。例如，向法院提起诉讼，请求确认协议无效并要求赔偿损失。

我的观点：终止妊娠是一件严肃且敏感的事情，涉及伦理、法律等多个方面。在签订相关协议时，双方应务必确保协议内容合法、有效，并充分尊重和保护彼此的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。