针对您提出的“合同能源管理增值税减免但甲方不认如何处理”的问题，以下是我的详细解答：
首先，我们需要明确合同能源管理增值税减免的政策依据和享受条件。根据相关政策，实施符合条件的合同能源管理服务的节能服务公司可以享受免征增值税的优惠。这要求节能服务公司实施的项目技术需符合《合同能源管理技术通则》的规定，并且与用能企业签订的合同需为节能效益分享型，合同格式和内容也需符合相关法规。
现在，问题出在甲方（用能企业）不认可这一增值税减免政策。处理这一问题，您可以采取以下步骤：
政策普及与解释：
- 向甲方详细解释合同能源管理增值税减免的政策内容，包括政策依据、享受条件等。
- 提供相关政策文件或官方公告的复印件或电子版，以便甲方查阅和确认。
核对合同条款：
- 与甲方一起核对合同中关于增值税减免的条款，确保合同中明确规定了增值税的减免事项。
- 如果合同中没有明确提及，可以考虑与甲方协商补充相关条款，明确双方的权利和义务。
沟通协商：
- 与甲方进行深入的沟通，了解其不认可的原因和顾虑。
- 针对甲方的疑虑，提供合理的解释和解决方案，争取甲方的理解和支持。
寻求专业支持：
- 如果甲方仍然坚持不认可，您可以考虑咨询专业的税务机构或法律顾问，获取更专业的意见和支持。
- 也可以邀请税务部门或相关部门的工作人员进行政策解读和答疑，以增强甲方的信任感。
法律途径：
- 如果经过上述努力仍然无法解决问题，您可以考虑通过法律途径来维护自己的合法权益。
- 咨询律师，了解相关法律规定和诉讼程序，准备充分的证据材料，进行法律诉讼。
总之，处理合同能源管理增值税减免但甲方不认的问题需要耐心、细致和专业的态度。通过政策普及、核对合同条款、沟通协商、寻求专业支持和法律途径等方法，相信您能够妥善解决这一问题。