新员工入职三天无工资协议是不合法的。只要劳动者为用人单位提供了劳动，无论是否在试用期内，也无论工作时间长短，用人单位都有义务按照约定的工资标准支付相应的劳动报酬。

法律依据：

• 根据《劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，且不得克扣或无故拖欠。
• 《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条也明确规定，因劳动报酬等发生的争议，适用该法。

详细分析：

1. 劳动关系的确定：从用人单位开始让劳动者干活那天起，双方就建立了劳动关系，劳动者有权要求支付工资。
2. 工资支付义务：用人单位必须按照约定的工资标准，结合劳动者实际出勤天数来计算并支付工资。即使只工作了三天，也应按照相应标准支付这三天的工资。
3. 特殊情况处理：有些公司可能有特殊的工资支付政策和流程，但这些规定不能违反法律的强制性规定，即必须支付劳动者已提供的劳动的相应报酬。如果入职前双方有明确约定试用期内工作不满一定期限没有工资，这种约定因违反法律规定而无效。

维权措施：

如果用人单位拒绝支付这三天的工资，劳动者可以采取以下措施来维护自己的合法权益：

1. 与用人单位协商：首先尝试与用人单位进行友好沟通，明确提出自己应得的工资数额，并询问未发工资的具体原因。
2. 保留证据：收集并妥善保存所有相关证据，包括劳动合同、工作证、考勤记录、工资条、聊天记录等，以备后续维权使用。
3. 正式书面提出要求：以正式的邮件或信函形式向公司明确提出支付工资的要求，并附上相关证据材料。
4. 向劳动监察部门投诉：若公司仍拒绝支付工资，劳动者可向当地劳动监察部门投诉，并提交相关证据。劳动监察部门将依法对用人单位进行调查，并责令其限期支付工资。
5. 申请劳动仲裁：在有充分证据证明存在劳动关系及工资数额的情况下，劳动者可以直接向劳动仲裁机构申请仲裁。劳动仲裁机构将依法裁决用人单位支付拖欠的工资及可能产生的赔偿金等。
6. 向法院提起诉讼：若对仲裁结果不满意或用人单位拒不执行仲裁裁决，劳动者可向有管辖权的人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。

综上所述，新员工入职三天无工资协议是不合法的。劳动者应依法维护自己的合法权益，要求用人单位支付应得的工资报酬。如果遭遇用人单位的拒绝或拖延，可以采取上述维权措施来寻求法律帮助和支持。