针对机关工勤退休审核中发现假学历的情况，处理方式主要依据相关法规与制度进行，旨在确保公平公正，维护组织纪律的严肃性。以下是对此问题的详细解答：

一、初步核实与调查

1. 发现假学历：在机关工勤退休审核过程中，一旦发现学历证书存在疑点或经核实为虚假，应立即暂停相关审核流程。

2. 启动调查：由相关部门（如人事部门、纪检监察部门）启动调查程序，对涉事人员的学历情况进行深入核查，包括学历证书的来源、真实性以及使用情况等。

二、处理措施

1. 组织处理：

   • 情节较轻：给予批评教育、责令书面检查、诫勉处理等，以警示涉事人员并促使其改正错误。
   • 情节较重：给予停职检查、调离岗位、限制提拔使用处理等，以降低其对组织的不良影响。
   • 情节严重或造成恶劣影响：给予引咎辞职、责令辞职、免职、降职处理等，以严肃组织纪律，维护组织形象。

2. 纪律处分：

   • 若涉事人员为党员干部，且其行为涉嫌违纪，则由纪检监察机关依据《中国共产党纪律处分条例》等相关规定进行处理，如给予警告、严重警告、撤销党内职务、留党察看或开除党籍等处分。

3. 法律追究：

   • 若涉事人员的行为涉嫌违法犯罪，如伪造、变造、买卖国家机关公文、证件、印章等，则由司法机关依据相关法律法规进行追究，可能面临刑事处罚。

三、后续管理

1. 加强审核：对涉事人员的其他档案材料进行全面复核，确保信息的真实性和完整性，防止类似问题再次发生。

2. 完善制度：建立健全学历审核机制，加强对新入职人员学历的审查力度，从源头上防止假学历的流入。

3. 警示教育：通过公开通报、召开警示教育大会等方式，对全体干部职工进行警示教育，提高大家的纪律意识和法律意识。

综上所述，机关工勤退休审核中发现假学历时，应依法依规进行处理，既体现组织的严肃性，又保障个人的合法权益。同时，通过加强制度建设和警示教育，营造风清气正的工作环境。