针对您提出的问题“水利局办案行政执法局盖章程序是否合法”，我们可以从以下几个方面进行详细分析：

首先，从行政执法的主体合法性来看，水利局作为水行政管理的主体，具有依法查处水事违法案件的职责和权限。因此，水利局在办案过程中，其主体身份是合法的。

其次，关于行政执法的程序合法性，根据即墨区水利局水行政执法流程的规定，查处违法案件必须做到程序合法到位。这包括调查取证人员不少于2人，且必须持有《行政执法证》；询问笔录、勘验笔录要记录规范，并由调查人员和被调查当事人签字确认；行政处罚、强制决定书应当载明违法事实、法律依据和诉讼权利等内容，并且必须加盖行政机关公章。这些规定确保了行政执法过程的规范性和公正性。

在您的问题中，特别提到了“行政执法局盖章”。通常情况下，行政处罚、强制决定书等法律文书应当由作出决定的行政机关加盖公章。如果水利局在办案过程中需要与其他行政机关（如行政执法局）协作，并且按照法定程序由行政执法局参与并盖章确认，那么这种盖章行为是合法的。但需要注意的是，这种盖章行为应当基于明确的法律规定或协作机制，并且不能违反行政执法的程序规定。

最后，我们还需要考虑具体案件的情况。每个案件都有其独特的事实和背景，因此判断水利局办案行政执法局盖章程序是否合法，还需要结合具体案件的情况进行综合分析。如果盖章行为符合法定程序、主体合法、事实清楚、证据确凿，并且没有滥用职权或违反法律法规的情况，那么这种盖章行为就是合法的。

综上所述，水利局办案行政执法局盖章程序的合法性取决于多个因素，包括主体合法性、程序合法性、具体案件情况等。在符合法定程序和规定的情况下，这种盖章行为是合法的。如果您对具体案件有疑问或需要进一步的法律帮助，建议咨询专业律师或相关法律机构。