行政机关违规盖章的处理方式需根据违规情形及后果的严重程度，分情况采取不同措施，具体如下：

1. 若违规盖章行为未造成实际损害，但违反内部管理规范
   可先通过书面或口头方式向盖章机关提出异议，要求其说明盖章依据并纠正违规行为。例如，若盖章文件超出行政机关法定权限（如无权签署某类合同），可要求其收回文件并重新出具合规版本。若对方拒不改正，可向其上级主管部门或同级政府法制部门投诉，通过行政系统内部监督机制推动整改。

2. 若违规盖章行为已造成实际损害（如合同纠纷、权利侵害）
   需分两步处理：

   • 民事救济：若盖章行为导致你与行政机关或第三方产生民事纠纷（如行政机关违规盖章确认债务），可依据《民法典》第143条主张盖章行为因违反法律强制性规定而无效，要求撤销相关文件或赔偿损失。例如，行政机关在无授权情况下盖章担保，可主张担保合同无效并要求免除担保责任。
     
   • 行政救济：若盖章行为涉及行政许可、处罚等具体行政行为（如违规盖章批准建设项目），可依据《行政复议法》第11条或《行政诉讼法》第12条，在60日内申请行政复议或6个月内提起行政诉讼，请求撤销违规盖章的行政行为。

3. 若违规盖章行为涉嫌职务违法或犯罪（如伪造公章、滥用职权）
   可直接向纪检监察机关（如纪委监委）举报，或向公安机关报案。例如，行政机关工作人员私刻公章盖章谋取私利，可能构成《刑法》第280条的“伪造国家机关公文、印章罪”，需通过刑事程序追究责任。

关键提醒：处理时需注意三点：

• 固定证据：保留盖章文件原件、沟通记录、证人证言等，证明盖章行为违规及损害后果；
  
• 时效限制：行政复议需在知道违规行为后60日内提出，行政诉讼需在6个月内提起；
  
• 程序优先：若涉及行政行为，需先通过复议或诉讼程序确认违规，再主张民事赔偿，避免程序冲突。
  

若有具体案件细节（如盖章文件类型、损害后果等），可进一步向我说明，我会结合案例为你分析处理路径。