将事业拨款作为绩效进行二次分配在事业单位亏损的情况下是不合法的。下面我从几个角度来解释这个问题：

1. 事业拨款的性质：

   • 事业拨款是国家或政府为了支持事业单位的发展，按照一定标准和程序拨付的财政资金。这些资金通常具有明确的用途和规定，主要用于事业单位的日常运营、项目开展等方面。
   • 将事业拨款作为绩效进行二次分配，改变了资金的原定用途，违背了资金拨付的初衷和规定。

2. 事业单位亏损的影响：

   • 事业单位亏损意味着其运营出现了问题，可能无法承担原有的职责和任务。在这种情况下，更应该合理使用资金，确保事业单位的正常运转。
   • 将事业拨款作为绩效进行二次分配，可能会加剧事业单位的财务困境，进一步影响其事业发展和公共服务能力。

3. 法律法规的约束：

   • 根据相关法律法规，事业单位应当严格按照规定的用途使用财政资金，不得擅自改变资金用途。
   • 对于违反规定使用财政资金的行为，相关部门将依法进行查处，并可能追究相关责任人的法律责任。

4. 合理的绩效分配方式：

   • 绩效分配应该基于事业单位的实际情况和员工的贡献进行，而不是简单地将事业拨款作为绩效进行二次分配。
   • 事业单位应该建立完善的绩效管理制度，明确绩效分配的标准和程序，确保绩效分配的公平性和合理性。

综上所述，事业单位在亏损的情况下将事业拨款作为绩效进行二次分配是不合法的。事业单位应该严格按照规定的用途使用财政资金，并建立完善的绩效管理制度，确保资金的合理使用和员工的合法权益。如果你对此类问题还有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。