在建设工程领域，建设单位与施工单位因工程款问题打官司，双方都可能面临一些不利因素。这些不利因素可以从多个角度来分析：

1. 证据收集与举证难度：

   • 建设单位可能面临施工单位提供的施工记录、工程量清单等证据不全面或不准确的问题，导致难以证明自身已按合同约定支付工程款。
   • 施工单位则可能面临建设单位提供的付款凭证、合同变更等证据不完整或存在争议的情况，难以证明建设单位拖欠工程款。

2. 合同条款解释与适用：

   • 合同中关于工程款支付、工程量计算、工程质量标准等条款可能存在模糊或歧义，导致双方对条款理解不一致，引发争议。
   • 若合同中存在对某一方明显不利的条款，该方在诉讼中可能处于不利地位。

3. 工程质量与验收问题：

   • 如果工程质量存在问题，建设单位可能以此为由拒绝支付部分或全部工程款，施工单位则需承担修复或赔偿责任。
   • 验收过程中，若双方对验收标准、验收结果存在争议，也会影响工程款的支付和诉讼结果。

4. 诉讼成本与时间成本：

   • 诉讼过程需要耗费大量的人力、物力和财力，包括律师费、诉讼费、鉴定费等，对双方都是一笔不小的开支。
   • 诉讼周期可能较长，期间双方可能需投入大量时间处理诉讼事宜，影响正常业务运营。

5. 公共关系与声誉影响：

   • 诉讼过程中，双方的声誉和公众形象可能受到一定影响，特别是涉及大额工程款或知名项目的诉讼。
   • 负面舆论可能影响双方的业务合作和市场地位。

6. 法律适用与裁判结果不确定性：

   • 法律条款的适用和解释可能因法官的理解不同而有所差异，导致裁判结果具有不确定性。
   • 诉讼过程中可能出现新的证据或情况，影响最终的裁判结果。

综上所述，建设单位与施工单位因工程款问题打官司时，双方都应充分考虑上述不利因素，并尽可能通过协商、调解等方式解决争议，以避免诉讼带来的不必要损失和风险。如果确实需要通过诉讼解决争议，建议双方提前收集好相关证据，并咨询专业律师以获取有针对性的法律建议。