双方是否存在建设工程关系，通常应在工程案件中解决。这一结论基于以下几点理由：

1. 法律关系确认：

   • 建设工程案件涉及的核心问题就是双方是否存在建设工程合同关系，以及该关系的具体内容、履行情况和责任分担等。
   • 在工程案件中，法院会审查双方提供的证据，包括合同文本、施工图纸、工程量清单、支付凭证等，以确认双方是否存在建设工程关系。

2. 争议解决：

   • 如果双方对是否存在建设工程关系存在争议，那么通过工程案件的审理，可以明确双方的权利义务，解决争议。
   • 工程案件的判决结果具有法律效力，可以作为双方解决争议的依据。

3. 法律程序：

   • 在工程案件中，法院会按照法定程序进行审理，包括立案、开庭、举证、质证、辩论等环节，确保双方的合法权益得到充分保障。
   • 如果双方对判决结果不服，还可以按照法定程序提起上诉或申请再审，进一步维护自己的合法权益。

综上所述，双方是否存在建设工程关系，通常应在工程案件中解决。这是因为工程案件提供了确认法律关系、解决争议和保障双方合法权益的法律程序。如果你在这方面有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。