是的，不予立案通知书必须说明理由。

在刑事案件中，当公安机关或人民检察院决定不予立案时，必须向控告人出具不予立案通知书，并且在该通知书中明确说明不予立案的具体理由。这一要求是基于法律的明确规定，旨在保障控告人的合法权益，让其了解案件未被立案的具体原因，以便其能够据此决定是否申请复议或采取其他法律措施。

具体来说：

1. 公安机关不予立案的情形：

   • 公安机关在接受案件后，经审查认为没有犯罪事实、犯罪事实显著轻微不需要追究刑事责任，或者具有其他依法不追究刑事责任情形的，会决定不予立案。
   • 对于有控告人的案件，公安机关必须制作不予立案通知书，并在三日以内送达控告人。该通知书中会明确载明不予立案的决定及具体理由。

2. 人民检察院不予立案的情形：

   • 人民检察院在审查报案、控告、举报或自首材料后，如果认为没有犯罪事实或犯罪事实显著轻微不需追究刑事责任，也会作出不予立案的决定。
   • 人民检察院同样需要制作相关法律文书（如不立案决定书），并通知报案人、控告人、举报人，其中也会包含不予立案的具体理由。

综上所述，不予立案通知书是刑事诉讼程序中的重要法律文书，必须明确说明不予立案的理由，以保障控告人的知情权和后续申请复议等法律救济途径的顺畅进行。如果您对不予立案决定有异议或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。