“因自动离职发生的争议按除名争议处理”的意思是，当员工未经批准擅自离职，并且长期未归，这种行为在法律上被视为员工单方解除了劳动合同。但单位需要证明员工确实有“擅自离岗”的事实。在这种情况下，如果单位依据《企业职工奖惩条例》等相关规定，对员工作出除名处理，那么因此引发的争议就被视为除名争议。
具体来说，这种争议主要涉及以下几个方面：
劳动关系的结束原因：单位认为员工自动离职，按照规定予以除名；员工可能对此有异议，认为自己并未自动离职或有其他原因。
程序合法性：单位在作出除名处理时，是否遵循了法定的程序和条件，比如是否提前通知了员工，是否给予了员工申辩的机会等。
后续权益处理：如经济补偿金、未结工资、社保等权益的分配和处理。
处理这类争议时，一般可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等途径进行。对于单位来说，建议完善规章制度，明确解除/终止劳动合同的条件和程序，并确保程序合法；对于员工来说，需要了解自己的权利，谨慎签署涉及权益的文件，并保存好相关证据。
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