村干部用农民厂房套钱是违法的。这种行为可能涉及多个法律层面的问题，具体分析如下：
侵犯财产权：
- 农民厂房属于农民的私有财产，受法律保护。村干部若未经农民同意，擅自使用或处分其厂房以套取钱财，构成对农民财产权的侵犯。
滥用职权：
- 村干部作为村级组织的管理者，应履行职责，维护村民利益。若其利用职权之便，以权谋私，用农民厂房套钱，则属于滥用职权的行为。
可能构成犯罪：
- 如果村干部套取的钱财数额较大，且伴有欺诈、侵占等恶意行为，可能构成犯罪，如诈骗罪、侵占罪等。这将受到刑法的制裁。
民事赔偿责任：
- 农民因村干部的违法行为遭受损失的，有权要求村干部承担民事赔偿责任，赔偿因此造成的经济损失。
综上所述，村干部用农民厂房套钱是违法的，不仅侵犯了农民的合法权益，也损害了村级组织的公信力和形象。建议农民在遇到此类情况时，及时收集证据，向相关部门举报或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。