结论：村干部用村集体土地建厂房办企业是否合法，需根据具体情况判断，关键在于是否符合法律法规和规划要求。以下从合法与违法两种情形进行详细分析：

一、合法情形

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国土地管理法》第六十条，农村集体经济组织可依法使用乡（镇）土地利用总体规划确定的建设用地兴办企业或与其他单位、个人以土地使用权入股、联营等形式共同举办企业。

2. 前提条件：

   • 土地性质必须为建设用地，且符合乡（镇）土地利用总体规划和村庄规划。
   • 需经法定程序批准，取得乡村建设规划许可证。
   • 若涉及农用地转用，需先办理农用地转用审批手续，且不得占用永久基本农田。

3. 合法建设流程：

   • 规划审批：编制村庄规划时预留工业用地指标，明确建设范围与用途管制要求。
   • 立项备案：向乡镇政府提交项目可行性报告，完成立项备案登记。
   • 用地许可：持立项文件申请乡村建设规划许可证，同步办理集体经营性建设用地入市手续（如适用）。
   • 施工监管：通过招投标确定施工单位，施工过程接受住建部门质量安全监督。
   • 竣工验收：建成后组织五方责任主体验收，同步办理不动产权登记。

举例：若村集体有一块规划为建设用地的土地，且已取得乡村建设规划许可证，村干部可以依法在这块土地上建设厂房办企业。

二、违法情形

1. 违法风险：

   • 未经批准擅自建设将面临多重法律风险，包括自然资源部门责令退还非法占用的土地、限期拆除新建建筑物并恢复土地原状、处以罚款（每平方米100-1000元），以及相关责任人可能被追究刑事责任。

2. 常见违法情形：

   • 土地性质不符合要求，如使用农用地或永久基本农田建设厂房。
   • 未取得乡村建设规划许可证或未经法定程序批准。
   • 违反乡（镇）土地利用总体规划和村庄规划。

举例：若村干部未经批准，擅自将一块农用地用于建设厂房，这将构成违法行为，可能面临上述法律风险。

三、合规操作建议

1. 前置审查：核查土地权属证书及规划用途，确认地块已纳入国土空间规划”一张图”。
2. 联合论证：邀请自然资源、农业农村等部门进行项目合规性预审。
3. 全程留痕：完整保存立项批复、规划许可、施工合同等法定文件，以备查验。

总结：村干部用村集体土地建厂房办企业是否合法，关键在于是否符合法律法规和规划要求。若符合相关条件并依法办理手续，则是合法的；若未经批准擅自建设或违反相关规划，则可能构成违法行为。因此，在操作前务必进行充分的法律审查和规划论证，确保合法合规。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。