在建设工程施工合同纠纷中，即使存在结算单，也仍然有可能申请司法鉴定。具体是否能申请，取决于多种情况，以下是对此问题的详细分析：

1. 结算单无异议情况：

   • 如果当事人对工程量、工程范围以及计价方式或标准均无异议，且能够依据这些无争议的内容计算出工程款，那么法院通常不会允许对工程款结算进行司法鉴定。因为此时，结算单已经足够清晰、明确地反映了工程款的数额，无需再通过司法鉴定来查明。

2. 结算单有异议或约定不明情况：

   • 如果当事人对计价方式或标准没有约定，或者约定不明，导致无法准确计算出工程款；
   • 或者虽然对计价方式或标准有约定，但对工程量或工程范围存在异议，使得工程款无法确定；
   • 在这些情况下，当事人可以向法院申请对工程款结算进行司法鉴定，以帮助法院查明案件事实，作出公正裁判。

3. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，当事人可以就查明事实的专门性问题向人民法院申请鉴定。在工程结算纠纷中，如双方对结算金额有争议，一方可向法院申请造价鉴定。
   • 同时，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》也明确规定，对于工程造价等专门性问题，若当事人有争议且法院认为需要鉴定，应向负有举证责任的当事人释明，并可以启动司法鉴定程序。

4. 实际操作建议：

   • 在申请司法鉴定前，当事人应充分评估自己的证据材料，确保存在需要查明的专门性问题，并且符合申请条件。
   • 同时，也应尊重对方当事人的意见，尝试通过协商、调解等方式解决纠纷，以降低诉讼成本和时间成本。

综上所述，建设工程施工合同纠纷中，即使存在结算单，也并不意味着不能申请司法鉴定。具体是否能申请，需要根据案件的具体情况以及相关法律法规的规定来判断。如果您对此类问题存在疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。