公司赔偿协议应该加盖公司法人公章或合同专用章。以下是对此结论的详细解释：

1. 公司法人公章：公章是公司在对外经济交往中所认可并具有法律约束力的权威印信，能够有效地表达和传递公司意志。在赔偿协议上加盖公章，可以确认协议内容确系公司的真实意愿体现，并赋予其法律效力。

2. 合同专用章：如果公司内部设有专用的合同章，并且严格遵循公司的用章管理制度进行后续使用，那么这类合同章同样也是合法有效的。合同专用章常用于签订合同等经济活动，能够确保协议的合法性和有效性。

此外，还需注意以下几点：

• 无论使用的是公章还是合同章，都必须遵守企业内部管理章程以及相关法律法规的具体要求。
• 如果赔偿协议所涉事务直接与特定的业务部门相关，可能还需要获取相关部门专属的专用名章或者负责人签字，以确保协议的有效性及可执行性。

总之，在签订公司赔偿协议时，应确保加盖的印章符合公司规定及法律法规要求，以保障协议的法律效力。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。