赔偿协议盖合同章通常是有效的，但具体效力需结合协议内容、签订主体及盖章行为是否符合法律规定来综合判断。以下从不同角度为你详细分析：
一、合同章的法律效力
合同章是单位对外签订合同时使用的专用印章，在法律上，它代表了单位的意志，具有法律效力。当赔偿协议上加盖了合同章，通常意味着该单位认可了协议的内容，并愿意承担相应的法律责任。
二、赔偿协议盖合同章的有效性条件
签订主体合法：赔偿协议的双方必须具备签订合同的主体资格，即必须是具有民事行为能力的自然人、法人或其他组织。如果一方不具备签订合同的资格，那么即使加盖了合同章，协议也可能因主体不适格而无效。
协议内容合法：赔偿协议的内容必须合法，不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得违背公序良俗。如果协议内容违法，那么即使加盖了合同章，协议也可能因内容违法而无效。
盖章行为真实：加盖的合同章必须是真实的，且是单位自愿加盖的。如果合同章是伪造的，或者是在被胁迫、欺诈等情况下加盖的，那么协议可能因盖章行为不真实而无效。
三、特殊情况下的考虑
合同章与公章的区别：虽然合同章和公章都具有法律效力，但在某些特定情况下，公章的效力可能更高。例如，在涉及重要合同或法律文件时，单位可能更倾向于使用公章。然而，这并不意味着合同章无效，只要符合上述有效性条件，合同章同样具有法律效力。
内部规定的影响：有些单位可能有内部规定，要求特定类型的合同必须使用公章或特定印章。如果违反了这些内部规定，虽然不影响协议的对外法律效力，但可能引发单位内部的纠纷或责任追究。
四、法律建议
确保签订主体合法：在签订赔偿协议前，务必确认对方的主体资格，避免与不具备签订合同资格的主体签订协议。
审查协议内容：仔细审查赔偿协议的内容，确保其合法、合规，不违反法律、行政法规的强制性规定和公序良俗。
确认盖章行为真实：在加盖合同章前，务必确认盖章行为的真实性，避免伪造或胁迫等情况下加盖印章。
保留相关证据：在签订和履行赔偿协议过程中，务必保留好相关证据，如协议文本、盖章记录、付款凭证等，以备不时之需。
如果你在赔偿协议签订或履行过程中遇到任何法律问题，或者对合同章的法律效力有进一步疑问，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业、全面的法律建议。