针对您提出的“食品安全法违法行为超过两年怎么处罚”的问题，首先需要明确的是，食品安全法的处罚并不直接依赖于违法行为发生的时间长短，而是依据违法行为的性质和严重程度来决定的。以下是对此问题的详细解答：
一、主要处罚原则
违反《食品安全法》的行为，无论发生时间多久，只要被发现并查实，都将面临相应的法律责任。这些责任包括但不限于行政处罚、刑事处罚以及民事赔偿。
二、具体处罚措施
行政处罚：
- 对于生产经营不符合食品安全标准的食品，如含有致病性微生物、农药残留超标等，将依据货值金额的大小给予不同程度的罚款，并可能没收违法所得和违法生产经营的食品、食品添加剂等。
- 若情节严重，还可能面临责令停产停业、吊销许可证等处罚。
刑事处罚：
- 如果违反食品安全法的行为构成犯罪，如生产、销售不符合食品安全标准的食品，足以造成严重食物中毒事故或其他严重食源性疾病，将依法追究刑事责任。
- 刑罚的轻重将根据犯罪情节的轻重来决定，可能包括有期徒刑、拘役、罚金等。
民事赔偿：
- 如果消费者的权益因违反食品安全法的行为受到损害，消费者有权要求赔偿损失。
- 赔偿的金额可能包括价款十倍或损失三倍的赔偿金等。
三、特别说明
- 对于“超过两年”这一时间因素，它并不直接决定处罚的轻重或是否处罚。处罚的依据主要是违法行为的性质和严重程度。
- 在某些情况下，如果违法行为人能够主动改正错误，未造成严重后果，并符合相关免罚条件（如首次违法、违法货值金额较小等），可能会得到从轻或免罚的处理。但这并不意味着违法行为不被追究，而是根据具体情况进行裁量。
综上所述，违反《食品安全法》的行为无论发生多久，只要被查实都将面临相应的法律责任。因此，建议食品生产经营者严格遵守相关法律法规，确保食品的安全和质量，以避免不必要的法律风险和经济损失。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。