针对您提出的“食品案件在两年内有三次违法行为如何认定”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确“两年内三次违法行为”的具体含义。根据市场监管总局的相关通知，这里的“两年内”是指第一次和第三次同类型违法行为之间的时间间隔不超过两年。也就是说，并不是简单地以某一次处罚决定时间为起点来计算两年，而是要看第一次和第三次违法行为发生的时间间隔。

具体来说，如果在两年内，食品经营者出现了第三次同类型的违法行为，那么这次违法行为将不予免罚。这里的“同类型违法行为”指的是性质相同或相似的违法行为，比如都是经营不符合食品安全标准的食用农产品。

那么，如何确定这三次违法行为是否都在两年内呢？这通常需要通过相关的执法记录或处罚决定书来查证。执法部门会查看每一次违法行为的记录，确定它们发生的时间，并据此来判断是否满足“两年内三次违法行为”的条件。

此外，值得注意的是，市场监管总局的免罚清单和处罚规定通常是为了规范市场秩序、保障消费者权益而制定的。因此，食品经营者应该严格遵守相关法律法规，确保自身的经营行为合法合规，避免因为违法行为而受到处罚。

综上所述，“食品案件在两年内有三次违法行为”的认定是依据第一次和第三次同类型违法行为之间的时间间隔来判断的。如果时间间隔不超过两年，且三次违法行为属于同类型，那么第三次违法行为将不予免罚。希望这个解答能够对您有所帮助。