当建设单位已结账，但包工头携款逃跑时，农民工可以通过以下途径来追讨工资：

1. 向总承包企业或建设单位主张：

   • 如果总承包企业违法转包或分包给没有资质的包工头，总承包企业要承担用工主体责任，需先行垫付农民工工资。
   • 如果建设单位未按照约定支付工程款，导致包工头携款潜逃，建设单位需要在欠付工程款的范围内，对农民工工资承担清偿责任。

2. 向劳动监察部门投诉：

   • 农民工可以向当地劳动监察部门投诉，劳动监察部门有权责令包工头或相关单位支付工资，并进行调查处理。
   • 若包工头拒不支付，劳动监察部门可将案件移送公安机关，追究包工头拒不支付劳动报酬罪的刑事责任。

3. 申请劳动仲裁或提起诉讼：

   • 农民工可以申请劳动仲裁，将总承包企业、建设单位列为共同被申请人，要求支付工资。
   • 若对仲裁结果不满意，农民工还可以通过诉讼途径，依靠法律手段维护自身权益。

在追讨工资的过程中，农民工应注意收集相关证据，如劳动合同、考勤记录、工资条等，以证明劳动关系和工资数额。同时，要保持与劳动监察部门、劳动仲裁委员会或法院的联系，及时了解案件进展，并积极配合调查和处理工作。

综上所述，农民工在包工头携款逃跑的情况下，可以通过向总承包企业或建设单位主张、向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁或提起诉讼等途径来追讨工资。在维权过程中，请务必保留好相关证据，并咨询专业人士以获得更具体的法律建议。